Au vu de ses rapports d’activité, l’APIHMS a, pendant des années, reçu des subventions de différentes collectivités territoriales (Ville de Toulouse, Conseil Général de la Haute-Garonne, Conseil Général du Tarn, Mairie de Ramonville St-Agne), de la CPAM de la Haute-Garonne et des Universités Toulousaines.

Cependant, ces organismes, serrant eux-mêmes de plus en plus leur budget, ont peu à peu décliné les demandes de subventions et en 2 000 seule la Mairie de Toulouse accordait encore une subvention à l’Association.

Depuis 2006, l’APIHMS ne recevait plus de subventions et épuisait ses réserves. Or elle est à nouveau très sollicitée. L’APIHMS doit donc rechercher des financements pour continuer à répondre aux demandes des jeunes lycéens et étudiants en situation de handicap. En 2011 seule la Mairie de Toulouse a répondu positivement à une demande de subvention. En 2012 l’APIHMS a obtenu une subvention de la Caisse d’Epargne Midi-Pyrénées pour financer un atelier théâtre ouvert à des étudiants en situation de handicap ou valides. Elle a également obtenu à nouveau une subvention de la Mairie de Toulouse majorée par rapport à l’année précédente.